O Biotério do IB conta com estrutura para abrigar animais de laboratório e animais selvagens que são utilizados durante pesquisas científicas. O Biotério é separado em duas alas, onde uma é destinada apenas a animais de laboratório, como ratos e camundongos e a outra ala é destinada aos animais selvagens, como morcegos, sapos, répteis etc.

O Biotério também dispõe de uma sala de procedimentos, onde podem ser realizados experimentos que necessitem de assepsia, com um fluxo laminar, capela de exaustão, microscópio binocular e lupa.

A eutanásia, quando necessária, é feita nos animais por meio da câmara de CO2 ou overdose de anestésicos, procedimento esse em conformidade com as normas de bem-estar animal RN 37 CONCEA.

Para alojar seus animais no biotério, o pesquisador deverá solicitar formalmente à Comissão do Biotério um espaço a ser utilizado, identificando as necessidades e quais os animais serão utilizados além de enviar o projeto de pesquisa aprovado pela comissão de ética no uso de animais (CEUA/UnB) com o certificado ao Coordenador do Biotério.